Créé le 1er janvier 1999 (par un arrêté du 16 décembre 1998), le Centre de recherche et de restauration des musées de France marque la réunion dans une même institution du Laboratoire de recherche des musées de France et du Service de restauration des musées de France.
En tant que service à compétence nationale, le C2RMF reçoit un budget de fonctionnement et d'investissement alloué par le Service des musées de France. Il bénéficie également, pour ses activités de recherche, de crédits du département du pilotage de la recherche et de la politique scientifique du ministère de la Culture.